La Ley N° 29968 que crea el SENACE como “Ventanilla Única” para la aprobación de los Estudios de Impacto Ambiental (EIA) de los grandes proyectos de inversión, determina que la implementación y transferencia de funciones de aprobación de los EIAs detallados se realizará en etapas.

La primera de este proceso está referida a la instalación del Consejo Directivo y la designación de la Jefatura de la institución. La segunda etapa estará abocada a la elaboración e implementación de los documentos de gestión de la organización, la tercera corresponde a la transferencia de funciones y la última etapa está dedicada al seguimiento a esta transferencia. 

Con el Plan que presentará el Ministerio del Ambiente, MINAM, se dispondrá, por un lado, de los aspectos estratégicos necesarios para el proceso de implementación del SENACE, así como de los aspectos operativos y presupuestales de la nueva entidad. 

En este periodo de implementación del SENACE también se contará con un borrador del Reglamento de funcionamiento del Consejo Directivo, del Reglamento de Organización y Funciones del SENACE, los que deberán ser  aprobados por el Consejo Directivo, una propuesta de  intercambio de experiencias con organismos similares al SENACE en países como Colombia y Chile, así como un Plan Estratégico institucional inicial.