El Programa de Becas nació como respuesta a la situación de alta vulnerabilidad de una gran cantidad de niños y jóvenes con serias dificultades económicas para permanecer en el sistema educativo formal. El programa comenzó como un proyecto piloto en el año 1998 protagonizado por 16 alumnos. Actualmente, participan del mismo 1935 niños y jóvenes en 15 provincias del país y Ciudad de Buenos Aires.
Los alumnos que participan del programa reciben una beca para cubrir sus necesidades escolares y un acompañamiento educativo que permite un seguimiento personalizado de cada uno de los chicos. El acompañamiento, cuyo fin es motivar y supervisar a los alumnos en sus estudios, consiste en reuniones mensuales que se realizan en la escuela, de las cuales participan el alumno becado, su responsable adulto y un profesional de la Fundación.
Hacen posible este programa más de 300 padrinos individuales y un gran número de organizaciones, todos ellos con un fuerte compromiso con la educación de los chicos argentinos. Cada padrino recibe en el año tres informes de seguimiento sobre su ahijado y tienen la posibilidad, si lo desean, de conocerlo en los encuentros de acompañamiento que se realizan todos los meses en la escuela o en las Jornadas de Encuentro de Becados que se hacen una vez al año para que los alumnos se reúnan e intercambien experiencias sobre su participación en el Programa de Becas.